Beginning Perl for Bioinformatics

James Tisdall

O'Reilly Media Inc., 2001.

Ova će vam knjiga jasno i sažeto pružiti neka osnovna znanja o programiranju u Perlu, naučit će vas pisanju jednostavnih programa i dati vam temeljno predznanje potrebno za daljnje učenje i uranjanje u naprednije funkcije Perla i rješavanje kompliciranijih zadataka.  Izvrsno je početno štivo za biologe s malim ili nikakvim znanjem programiranja koji se žele baviti bioinformatikom. Iscrpno objašnjeni primjeri programa omogućuju samostalno učenje tempom koji vama najviše odgovara.

Ukoliko ste biolog koji želi naučiti osnove programiranja u Perlu, čak i ako nemate baš nikakvih prethodnih znanja o programiranju, ova je knjiga pravi izbor za vas.

Predznanje vam nije potrebno jer prva tri poglavlja knjige pružaju osnovne informacije potrebne da biste uopće započeli s učenjem programiranja. One uključuju skidanje programa s Interneta, instaliranje i pokretanje Perl programa, izabiranje text editora kojeg ćete koristiti, lociranje on-line dokumentacije i slično. Takoder se objašnjavaju neki osnovni pojmovi kao što su kod, pseudokod, komentari, te neke osnovne strategije programiranja. Naravno da su sve te stvari ovdje samo površno navedene, za bolje razumijevanje morat ćete konzultirati dodatnu literaturu, ali za korištenje ove knjige i početak učenja programiranja u Perlu i ovo će vam biti dovoljno. Takoder su vrlo šturo navedene neke osnovne informacije iz molekularne biologije, ali na najjednostavnijoj razini. Kao što smo već rekli ova je knjiga prvenstveno namijenjena biolozima koji ta znanja vec imaju. Oni koji se žele baviti bioinformatikom, a nedostaje im znanja molekularne biologije te će informacije morati potražiti negdje drugdje.

Nakon tog kratkog upoznavanja s osnovama teorije programiranja, sljedećih šest poglavlja uvodi nas u sam programski jezik Perl. U njima autor definira osnovne tipove pohranjivanja podataka (scalar, array i hash varijable) te objašnjava različite funkcije koje nam omogućavaju manipulaciju podacima. Sve je to potkrijepljeno praktičnim primjerima programa za rješavanje određenih bioinformatičkih zadataka (primjerice translacija DNA u protein ili simulacija nasumične mutacije). Primjeri kreću od najjednostavnijih prema kompliciranijima, a svaka nova funkcija uvedena u programu podrobno je objašnjena. Na kraju svakog poglavlja nalaze se zadaci koji služe za utvrđivanje i bolje razumijevanje gradiva obrađenog u tom poglavlju.

Sljedeća tri poglavlja donose malo složenije primjere koji također imaju praktičnu primjenu u biologiji, kao što je obrada PDB ili GenBank zapisa te obrada izlaznih podataka BLAST-a.

Ova će vam knjiga jasno i sažeto pružiti neka osnovna znanja o programiranju u Perlu, naučit će vas pisanju jednostavnih programa i dati vam temeljno predznanje potrebno za daljnje učenje i uranjanje u naprednije funkcije Perla i rješavanje kompliciranijih zadataka.
 
Da zaključimo, ova knjiga je izvrsno početno štivo za biologe s malim ili nikakvim znanjem programiranja koji se žele baviti bioinformatikom. Iscrpno objašnjeni primjeri programa omogućuju samostalno učenje tempom koji vama najviše odgovara.
S druge strane, za čitatelje koji imaju više znanja iz područja računalne znanosti, a nedovoljno znanja biologije, ova knjiga nije idealan izbor. Detaljno ulaženje u osnove programskog jezika bit će im preopširno, dok će im osnove molekularne biologije potrebne za bavljenje bioinformatikom još uvijek biti nejasne.

Samo je registriranim korisnicima dopušteno slati komentare.
Molimo da se prijavite ili registrirate.

Powered by AkoComment 2.0!