Bioinfo.hr!
bioinfo.hr Naslovnica


Izbornik
Naslovnica
Novosti
Blog
Pojmovnik
Pregled literature
Recenzije
Poveznice
Kalendar događanja
Pretraživanje
O portalu
Kontakt
Pretraživanje
Login





Zaboravili ste šifru?
Kalendar
February 2012 March 2012
Po Ut Sr Č Pe Su Ne
Tjedan 5 1 2 3 4 5
Tjedan 6 6 7 8 9 10 11 12
Tjedan 7 13 14 15 16 17 18 19
Tjedan 8 20 21 22 23 24 25 26
Tjedan 9 27 28 29
Syndicate
Dobro došli na portal bioinformatika.hr!
icon_big.gif

Svrha portala je pružiti članovima bioinformatičke zajednice u Hrvatskoj mjesto za virtualno okupljanje, diskusiju i edukaciju. Portal je otvoren  svim nastavnicima, studentima, istraživačima, stručnjacima i ostalima kojima su bioinformatika i računalna biologija područje interesa.

Pozivamo sve zainteresirane da svojim prilozima, pitanjima i diskusijama doprinesu popularizaciji primjene računalnih znanosti  u molekularnoj biologiji!



Kompleksne mreže PDF Ispis E-mail
Ocjena: / 6
LošeOdlično 
Autor: complex   
Monday, 28 November 2005

Desetljećima se vjerovalo da su mreže potpuno slučajne. U situacijama u kojima smo se morali susresti s vrlo kompleksnim sustavima, kao što je u slučaju povezanosti ljudi socijalnim vezama, kemijskih spojeva u stanicama povezanih kemijskim reakcijama, web stranicama povezanima URL-ovima, pretpostavljali smo da su te veze slučajno razbacane uokolo. 

U zadnjih desetak godina smo naučili da u gore navedene mreže i još mnoge nisu u potpunosti slučajne. Umjesto toga te mreže kriju red i opisane su rigidnim evolucijskim zakonima. Ti zakoni vode prema nastojanju tzv. hubova, nekoliko čvorova koji imaju vrlo velik broj veza, dok većina ostalih ima samo nekoliko veza. Dobar primjer je web gdje je većina stranica ima veze na nekoliko stranica kao što su Yahoo ili Google dok većina ostalih stranica ima mali broj veza koje pokazuju na njih. Primjer u ekonomiji su velike tvrtke poput Cisca ili Intela koji imaju ekonomske veze na velik broj drugih tvrtki. Broj i veličina hubova je određena veličinom mreže, a odgovorni su za velik broj neočekivanih fenomena. Npr. seksualni hubovi su odgovorni za širenje zaraznih bolesti poput AIDS-a od lokalne epidemije u pandemiju. 

Desetljećima se vjerovalo da su mreže potpuno slučajne. U situacijama u kojima smo se morali susresti s vrlo kompleksnim sustavima, kao što je u slučaju povezanosti ljudi socijalnim vezama, kemijskih spojeva u stanicama povezanih kemijskim reakcijama, web stranicama povezanima URL-ovima, pretpostavljali smo da su te veze slučajno razbacane uokolo. 

U zadnjih desetak godina smo naučili da u gore navedene mreže i još mnoge nisu u potpunosti slučajne. Umjesto toga te mreže kriju red i opisane su rigidnim evolucijskim zakonima. Ti zakoni vode prema nastojanju tzv. hubova, nekoliko čvorova koji imaju vrlo velik broj veza, dok većina ostalih ima samo nekoliko veza. Dobar primjer je web gdje je većina stranica ima veze na nekoliko stranica kao što su Yahoo ili Google dok većina ostalih stranica ima mali broj veza koje pokazuju na njih. Primjer u ekonomiji su velike tvrtke poput Cisca ili Intela koji imaju ekonomske veze na velik broj drugih tvrtki. Broj i veličina hubova je određena veličinom mreže, a odgovorni su za velik broj neočekivanih fenomena. Npr. seksualni hubovi su odgovorni za širenje zaraznih bolesti poput AIDS-a od lokalne epidemije u pandemiju.  Jedan od često spominjanih mreža je i mreža svih glumaca koji su glumili u filmovima s Kevinom Baconom. Uz najbolji trud teško ćete naći glumca koji je udaljen partnerima s kojima je glumio dalje od tri od Kevina Bacona. Još 60 -tih godina prošlog stoljeća napravljeno je istraživanje u kojem je utvrđeno da je prosječna udaljenost između bilo koja dva čovjeka na Zemlji 6. Eksperiment je napravljen tako da su slučajno odabrani pošiljaoci i primatelji poruke koji se nisu poznavali. Pošiljatelj je poruku poslao svim poznanicima, oni dalje svojima, sve dok poruka nije došla do primatelja. Ovakvo ponašanje je moguće upravo zahvaljujući hubovima i naziva small world. Pokazalo se da se većina realnih mreža može opisati kao kompleksne, što njihovu analizu uvelike pojednostavljuje.

Kako je ovo ipak bioinformatički portal važno je spomenuti mreže proteinskih interakcija. Prilikom ispitivanja mreže interakcije za pivski kvasac (Saccharomyces cerevisiae) došlo se do zaključka da ta mreža odgovara svojim karakteristikama kompleksnoj mreži. U mreži je pronađeno nekoliko proteina koji imaju interakciju sa više od 50 drugih proteina dok većina ostalih ima samo nekoliko veza.   

protein_interaction_complex.jpg

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Slika 1 Mreža proteinskih interakcija u kvascu

Isto tako utvrđeno je da i metabolička mreža kvasca i 50-tak drugih organizama ima svojstva kompleksne mreže.

yeast_metabolic_network.gif

 

 

 

 

 

 

 

 

Slika 2 Metabolička mreža kvasca

Postoji velik broj radova koji se bavi upravo ovim mrežom u kojima se pokušava praćenjem hubova utvrditi njihov nastanak i utjecaj hubova na funkcioniranje stanica.

Kompleksne mrežu su hit. Postoji velik broj usluga koje koristeći kompleksne mreže omogućuju povezivanje u socijalne mreže. Dobar primjer korištenja ovakvih mreža je primjer cijepljenja u Izraelu u kojem su pokušali cijepiti samo hubove, ljude koji imaju čest kontakt s drugim ljudima. Isto tako znanstvenici iz raznih područja pokušavaju pronaći nove mreže koji se ponašaju po ovakvom obrascu ponašanja.

Komentar/i

Samo je registriranim korisnicima dopušteno slati komentare.
Molimo da se prijavite ili registrirate.

Powered by AkoComment 2.0!

Zadnja promjena ( Monday, 28 November 2005 )
 
« Prethodna   Slijedeća »

Powered by Joomla ©2005 bioinfo.hr
kontakt: portal[a.t]bioinfo.hr
Portal bioinfo.hr je izrađen unutar Grupe za bioinformatiku Zavoda za molekularnu biologiju, na Biološkom odsjeku Prirodoslovno-matematičkog fakulteta u Zagrebu, u suradnji s Ministarstvom znanosti, obrazovanja i športa Republike Hrvatske