Alternativni splicing (različito izrezivanje introna iz pre-mRNA) glavni je mehanizam stvaranja raznolikosti proteina kod viših eukariota. Procjenjuje se da  više od polovice gena sisavaca ima alternativni splicing, no nije jasno je li frekvencija pojave alternativnog splicinga ista i u drugim sistemskim kategorijama.

Prema procjenama u ljudskom genomu alternativni splicing prisutan je kod 35 do 60% gena, čime se može objasniti raznolikost proteina unatoč samo 20 do 25 000 gena koliko iznosi trenutna procjena broja gena.

Problem određivanja gena koji imaju alternativni splicing leži u činjenici da EST-ovi (expressed sequence tags), koji su nasumični uzorak mRNA stanice, nejednoliko pokrivaju gene, a postoje i brojni artefakti u EST bazama, kao što su primjeri aberantnog splicinga koji se događaju u stanici.

Neverov i suradnici primjenili su metodu IsoformCounter u svrhu boljeg procjenjivanja gena koji imaju alternativni splicing. Metoda se zasniva na generiranju mogućih mRNA izoformi za ljudske gene prema podacima iz EDAS baze podataka. Ova metoda uzima u obzir uklanjanje nepravilno izrezanih transkripata (nonsense-mediated decay) i pravila za započinjanje translacije, tj. razlučuje funkcionalne izoforme od nefunkcionalnih. Ustanovljeno je da 73 do 77% ljudskih gena ima više od jedne mRNA izoforme što odgovara prijašnjim maksimalnim procjenama.

Znanstvenici su također uspoređivali alternativni splicing u različitim kategorijama gena prema GeneOntology (GO) anotaciji. Zaključili su da geni za ribosomalne proteine i geni uključeni u prijenos signala većinom imaju manje mRNA izoformi od prosjeka, dok geni uključeni u DNA replikaciju i stanični ciklus imaju obično više izoformi od prosjeka. Također je pokazano da geni za proteine koji ulaze u interakciju s drugim proteinima imaju veću frekvenciju alternativnog splicinga od gena za proteine koji ne ostvaruju protein-protein interakcije.

Napisano prema Alternative splicing and protein function 

Samo je registriranim korisnicima dopušteno slati komentare.
Molimo da se prijavite ili registrirate.

Powered by AkoComment 2.0!